録音時には「鳴っていなかったはず」の音が録音されている！こういう現象はわりと良くある事です。

結論から言うと、心霊的な現象で無ければ、まず録音時に鳴っています。
意識していない事で鳴っている事に気付かない場合があるのですが、すべての現象には理由があるはずなので、ちょっとだけ原因の可能性を探ってみましょう。

可能性1：PCからノイズが…

普通にパソコンを使っていると意外と気が付かないのが、PCからのノイズです。
ハードディスクにアクセスしている時のカリカリ音なんかは比較的気になるとは思うのですが、ファンの音で凄く激しくない時は、気付かなくなっている事があります。
普通に耳で認識しないだけで、鳴っているので、当然マイクが音を拾いノイズとなります。

対策は、音のしないPC（水冷や静かなファンを使った物）を使うか、PCとマイクの位置を離して録音して下さい。

可能性2：他の電流が干渉しています

マイクのケーブル（シールド）など、録音する物からPCまでの間にあるケーブル類に電源のコードが沿っていたりしないでしょうか？
そもそも、PCに音が入るという仕組みは、ケーブルの中を「音波を電気信号に変えた物」が通る事で、デジタルとしてPC側に認識されるという仕組みでPCに音を送っています。
外部からの干渉を防ぐために、ケーブル自体にもアルミテープなどによる防御を施してあるのですが、流石に電気が流れるコードと平行にくっついて並んでいたりすると、防ぎきれずコードに流れている電気がノイズになって入ってしまう事があります。

対策としては、電源のコード類は極力ケーブルに触れない様にする事。触れたとしても、接触面の少ない直角で交わる様に触れさせる事で、大分マシになります。

可能性3：そろそろ苦しいですが、イコライザ掛かってませんか？

可能性をいくつも考えるのもそろそろ苦しいのですが、
お使いのDTMソフトでイコライザの高音域部分、6.3KHｚ～16kHzあたりが凄く上がっているという事は有りませんか？

防音設備のしっかりした静かなスタジオならともかく、自宅で録音している宅録の場合ほぼノイズが乗っているので、高音域部分を過剰に上げてしまうと、シャーっというノイズが強調される事になってしまいます。
この場合、録音した音を聞きながら高音域部分のつまみを下げて、あまり強調され過ぎない様にして下さい。